靜坐能影響身體全部性理及生理變化，性理就是人們的心性，生理就是生活生存的原理。
心理方面，能改去脾氣毛病與個性，回復本然的天性，生理方面，一外而五官四肢、內而五臟六腑，沒有一處不受其影響的，對於靜坐最有關連的內部系統，包括神經、血液、呼吸與新陳代謝等各系統，也深深的受到影響。
通常人們對於性理、生理一向看作是兩回事，然探究其奧祕實是一體，不能分離的。
生理方面，自從生理學家巴甫洛夫發現占人的大腦皮層神經(中樞神經)為統轄全身的機能，對於內外環境的平衡能起種種的反射作用。
例如因氣候及周圍環境的改變，會刺激到感受器，進而影響大腦皮層(中樞神經)的活動、引起種種的反射作用，人們的精神性理與肉體生理，會受變化的激動而生反應。這是不可分離的，是一體同時作用起來的，而且是一個秩序不亂，統一活動的現象。以下我們來探討靜坐與神經、血液、呼吸及新陳代謝作用的密切關係。

一、神經
神經分佈於人體各部份，支配知覺運動、分泌營養、有腦脊髓神經系統及交感神經系統(含副交感神經)二種。
腦脊髓神經及末稍神經，由中樞神經(在玉枕關就是大腦皮層)指揮交互傳達興奮或抑制，引起身體各部份機能活動作用及反射作用，交感神經分佈於身體的胸膛、腹腔之諸內臟及血管，是一種獨立機能的神經，能獨立行使神經機能活動，叫做自律神經。又能補助腦脊髓神經有關機能的活動，因為交感神經由二十四對鏈狀神經球組成，從脊柱兩側縱行，在尾闊骨處(尾闊關)合為一個神經球，全體灰白質或白質混合而成，神經其一端連於腦脊髓神經，所以能幫助其機能活動。

　　人們由於長期受到物質文明、科學發達、思想變化等刺激的作用，使得平靜的生活環境，發生千變萬化。又因趨向於物質享受，不顧道德倫理，道德日衰日退，因此我們的神經系統幾乎達到永無止境的反射，有反射便有抑制與興奮的連串作用而影響身體健康。
神經受到刺激，大腦皮層(中樞神經)會命令全身或局部，發生興奮，緊張到相當程度時又能發生抑制作用。

靜坐與神經系統有什麼關係呢?
大腦皮層(中樞神經)的反射作用，直接會影響到生理機能的活動而有正常與不正常的現象出現，對於精神上的影響尤甚，因為人們的妄念(慾望)是不停的。生活逾複雜慾心逾激烈，妄念在一生一滅，沒有止境的時候，容易擾亂精神(性理)變成不安，心神不能安靜，生理機能亦受其影響。身體之不健全一般乃是由於人常有恐懼、憂傷、悲喜之情而影響情緒緊張或不安，引起血管異常的伸縮作用，呼吸變得不正常，消化機能，神經系統各部份活動機能，就會不正常，甚至出現食慾不振，精神不爽的情形，相反的人們愉快時、精神就爽快、食慾大進，這是情緒影響各生活機能的緣故。
所以人們必須要常使精神安寧鎮靜，反射作用正常運作，使腦脊髓神經及交感神經(自律神經)系統功能，可以對抗平衡活動，才能導致人們的身心達到平衡，身心可以健全，萬念方能不生，因為妄念實在是不容易控制得住的。
惟有從靜坐下手，反覆修煉，久而久之，可以統轄精神入於虛無之境，妄念不生，聽我指揮。古人說「天君泰然百體從令」，曾子曰「十目所視、十手所指其嚴乎。富潤屋、德潤身、心廣體胖」。故君子必誠其意，就是此意。
可見靜坐與精神系統，性理以及生理機能關係，是非常密切不能分離的。

二、血液(血氣)
血液就是血氧，也就是精氣，是人們生活存在的根源動力，佔人體重的七十% 之多，循環全身，無有一刻停滯。血液之循環系統。是受腦脊髓神經及自律神經的指揮，發生循環作用，重要部份包括心臟與血管兩大部份。
心臟是血液(血氣)輸送中心機關，心臟隨呼吸跳動。將身體各部份的新鮮血液(血氣)，由動脈管從心臟輸出，同時各部份的、不新鮮的血液(血氣)，由靜脈管輸送回歸心臟，更換這兩種血液的循環工作。在保持全體血流的均衡，使身體部份的活動，配舍人體的要求而產生交互作用。
所以血液(血氣)的循環也隨時隨地跟著全身體的活動而發生變化。血液(血氣)能周流全身而不停滯，雖然是靠心臟與血管的舒張及收縮作用，然能正常循環流轉實是基於人體內奇經八脈之循環狀態良好，若有一經脈發生停滯，人體馬上就發生毛病，嚴重著甚至直接與生命生存有關。
奇經八脈的循環是由於吾人的一呼一吸，順著中樞神經系統之反射作用及自律神經之機能功用而產生效果。中樞神經(在玉枕關)接收從腦脊髓神經的交互作用，發揮神經的興奮作用及抑制作用。使心臟與血液(血氣)之輸送平衡，也就是前者心動加速、血管口徑縮小。後者心動變弱、變慢，血管口徑弛張，這兩種作用維持著一定的交互反射應用作用，使循環系統的活動調節於正常。
血液(血氣)循環若有停滯，就會生病，所以不論中西醫於診病時，必先用指按脈膊或耳聽心跳者此也，因為脈膊是血氣之先也。至於血液會發生停滯，其因可分為內在與外在的因素而引起。

內在因素：
(一)為心臟異常，它雖是受中樞神經之反射作用，由腦脊髓神經分泌營養，其實是受交感神經、副交感神經(在尾闊)的支配，大腦是間接的，人體若有疾病發生或潛伏，就會引起神經的異常反射，血液(血氣)的輸送作用也隨之變化，發生不正常的現象。
(二)常人全身的血量大半儲於腹部(氣海)，如腹部的筋肉柔弱無力，有時就不能隨意直接指揮自律神經的機能作用，如此則不能儘量把血液逼出循環流轉，導至失調和不能平衡。
內臟器官，我們不能直接指揮它，血液(血氣)如有遲滯，我們非但不知不覺，到有知覺時，疾病已經發生，請教醫師處理外，自己別無方法可施了。
(三)心臟跳動隨人們的呼吸快慢而生變化，對於輸送血液的作用，亦隨呼吸而變異；心臟跳動正常，血液輸送即正常。動脈管接近心臟，所以輸送血液富於有力;至於靜脈管，離心臟較遠，故從頭部至四肢的血液要送回心臟的時間較長，致使力量較弱，比較容易停留在腹部， 靜坐之調節呼吸在腹部(腹式呼吸)，是有原因的，腹式呼吸，能使循環系統機能趨於正常化。

外來原因：
是由於四季天氣的變化風寒暑濕燥熱之影響、發生感冒疾病，或外傷等，受物理的、化學的刺激，使血液(血氣)循環失調，產生不平衡乃是顯而易見的。
靜坐妙法才能把全身重心，安定在小腹，用復式呼吸，久久煉之，小腹筋肉變得富有彈性，自律神經也活運旺盛，循環系統之循環機能正常，偶有失調馬上可以預知，因此能自行調和不易生病，古人說「預防勝於治病」者此也。

三、呼吸
呼吸是性命生存的源泉，人得後天之氣而生存，古人說「三寸氣斷，人就死亡」其重要可想而知，但是人們知而不察不會去體會，只知道口福享受，只想物質美味忘去真常之修養，僅靠飲食維持生命存在。雖然人們不飲不食、飢渴會至死亡，但人人知道，呼吸比飲食更加重要，更加密切也。由於人們呼吸之氣是存在大氣中，可以隨時隨地，不費一毛錢一分力，只要鼻子一吸就能取得。所以僅僅知道飲食重要，而忘卻呼吸的重要，自然就隨其自然發展至死方休，原因就在這裡。
人能斷食六、七天尚不致死亡，一旦閉塞口鼻，斷了呼吸不到半個鐘頭，人就會死亡，呼吸對於人之重要性可想而知，其重要性可由以下來證明。
人體的活動與生存須要熱能與熱量來維持體力。其主要來源是由食物中攝取營養加以氧化;氧化作用(同化作用)是要靠呼吸來推動。從大氣中吸入氧氣轉到心臟，使靜脈的血發生化學作用(同化作用)流回心臟而變為清潔的血，再由動脈輸送分佈到人身各部份。相反的體內產生的濁氣、炭酸氣則需呼出體外。吾人的心臟隨著呼吸而跳動，終生永不停滯，是由於中樞神經的指揮而達到平衡的，一呼一吸稱為「一息」。人們的生命寄託在此，一個一口氣不來，馬上就會死亡，而結束一生的運命。
靜坐妙法正是針對這個生死關頭下手，古往今來無論是醫學家、科學家、哲學家、宗教家、武術家要強化生命都要從練習呼吸下手，就是初步入門，至於要登?造極達到神仙地步也不離這個。可見其重要。

四、新陳代謝
不論是人類，或一切有情之動物，基於生命的化學作用，從體內攝取營養或排泄廢物(生活物質)以維持生命的狀態叫作新陳代謝。
人體為著生存，不停地消費自體物質，一方面把陳舊的物質(廢物)排出體外，一方面再從外界攝取物質與氧氣，而發生化學作用，同化為自體物質，以補給身體之缺乏，持續生活長存。
靜坐妙法能使神經系統機能寧靜，血液(血氣)循環良好，消化系統機能強化，能調整呼吸，幫助人體各部份之神經活動，使新陳代謝旺盛，永註青春，其效力是不可思議的。